باب اسفنجی به‌طور اتفاقی در یک آزمایش علمی کوچک می‌شود و وارد دنیایی ناشناخته در اعماق بیکینی باتم می‌شود. او در این ماجراجویی با میکروب‌های بامزه، خطرات نامرئی و چالش‌های عجیب روبه‌رو می‌شود. حالا باید راهی پیدا کند تا دوباره به اندازه‌ی طبیعی‌اش برگردد، اما آیا پاتریک و آقای خرچنگ می‌توانند کمکش کنند؟